Com o sorteio das chaves, Moto e Sampaio ficaram no Grupo A juntamente com Araioses e São José, enquanto o Grupo B terá o Maranhão, que retorna à elite estadual, o atual campeão Imperatriz e também Cordino e Santa Quitéria.

Vale ressaltar que Sampaio e Maranhão foram os cabeças-de-chave da competição por serem os melhores maranhenses no ranking nacional de clubes da CBF. Após essa definição, os demais integrantes dos grupos foram selecionados por sorteio.

O Campeonato Maranhen¬se começa no dia 31 de janeiro e terá sua decisão no dia 8 de maio. O campeão e o vice terão vaga garantida na Copa do Brasil e Copa do Nordeste de 2017, assim como o melhor colocado, excetuando o Sampaio Corrêa, disputa a Série D do Campeonato Brasileiro de 2016.

Os oito times serão divididos em dois grupos, e no primeiro turno, as equipes jogam entre si dentro da própria chave classificando-se os dois melhores de cada para a semifinal. No segundo turno, os times de uma chave enfrentam os da outra chave novamente classificando duas equipes de cada grupo.

Caso um time vença os dois turnos, será declarado campeão, mas caso uma equipe diferente vença cada um dos turnos haverá uma decisão em dois jogos para definir o título.

Os clubes terão até o dia 30 de novembro para apresentar, formalmente, uma proposta de alteração do regulamento da competição. Após essa data, o regulamento será homologado e posteriormente divulgado como oficial.