24 candidatos a prefeito de municípios maranhenses tiveram as suas candidaturas indeferidas pela Justiça Eleitoral. Só a cidade de Matinha teve dois candidatos indeferidos Marcos Robert Silva Costa, o Beto Pixuta (PDT) e Eldo Jorge Everton Cunha (PCdoB). Além dos candidatos a prefeitos, outros 11 vice-prefeitos também tiveram as candidaturas negadas.

De acordo com a Justiça Eleitoral, existem dois tipos de indeferimentos de candidaturas. No caso dos candidatos que estão com recurso, significa que já houve uma decisão judicial desfavorável ao concorrente que pode ser revertida em uma instância superior. No entanto, existe também o caso contrário, quando o pleiteante pode ter tido a candidatura deferida em primeira instância, mas a Justiça entrou com recurso por insistir que existem irregularidades.

O candidato José Mauricio Carneiro Fernandes (PCdoB) da cidade de São Benedito do Rio Preto foi eleito, porém continua pendente em julgamento. O caso ainda não foi apreciado pelo juiz eleitoral. Ao todo 997 candidatos incluindo prefeitos, vice-prefeitos e vereadores ficaram inaptos nas eleições de 2016. 434 candidatos renunciaram ao pleito, seis faleceram, cinco não tiveram o pedido de registro apreciado pelo juiz eleitoral e 526 candidatos a vereador foram indeferidos em todo o estado.

Dos candidatos a prefeito indeferidos, PMDB e PSOL somam 40% do total, com quatro impedimentos cada.

Rosaria De Maria e Silva Carvalho Dias, Rosaria Dias (PMDB), Liorne Branco De Almeida Junior, Dr. Liorne (PMDB), Manoel Thadeu De Morais Barbosa, Thadeu Barbosa (PTB), Raimundo Cosme da Silva Filho, Bebê (PSOL), Jose Vieira Lins, Zé Vieira (PP), Washington Luís de Oliveira. Dr Washington (PDT), Sebastião Prado Costa, Siba (PSL), Domingos Lima Matos, Domiguinho (PSOL), Arieldes Macario da Costa, Leo Costa (PDT), Sara da Silva Rodrigues, Sara (PSOL), Osvaldo Cesar Damasceno (PPL), Alexandre Carvalho Costa, Alexandre Costa (PSC), Webster Raimundo Mendes Machado, Webster (PMN), Marcos Robert Silva Costa, Beto Pixuta (PDT), Eldo Jorge Everton Cunha, Eldo Jorge (PCdoB), João Dantas Filho, João Dantas (PSDB), Lindenberg Cunha Braga, Lindenberg Braga (PSD), José Mauricio Carneiro Fernandes, Mauricio Fernandes (PCdoB), Francisco Santos Soares, Franciscano (PMDB), Júlio Cesar De Sousa Matos, Dr. Julinho (PMDB), Adson Manoel Silva Oliveira, Adson Manoel (PRB), Francisco De Assis Canavieira Fonseca, Chico Canavieira (PCdoB) e Eloi Filho Rocha De Oliveira, Elói Filho (PSOL).

Qualquer cidadão pode acompanhar os processos pelo site do Tribunal Superior Eleitoral (TSE).